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QTL mapping for production traits in Czech Fleckvieh cattle
chromosomes markers quantitative trait loci milk traits cattle REML
2015/6/24
The objective of this study was to find QTL for milk production traits in Czech Fleckvieh cattle on chromosomes 6, 7, 11, 14, and 23 where QTL were previously identified in other dairy cattle populati...
QTL analysis for carcass composition and meat quality traits on SSC7q1.1-q1.4 region in Large White × Meishan F2 pigs
single nucleotide polymorphism meat quality
2015/6/23
Significant QTL for carcass and meat quality traits on Sus scrofa chromosome 7 (SSC7) were
detected in various Meishan derived resource populations, especially on q1.1-q1.4 region. In order to confi...
本研究利用MTDFREML对QTL-MAS2011公共数据集的模拟性状进行方差组分估计，遗传力估计约为0.29。主成分分析显示，群体内不存在显著的群体分层现象，然后用2种模型进行全基因组关联分析研究。利用GAPIT程序包中的混合线性模型对QTL-MAS2011公共数据进行全基因组关联分析，共得到10个显著的单核苷酸（SNP）位点（P<0.05）,其中，4个显著的SNPs在1号染色体上，4个显著的S...
本研究旨在精细定位公猪7号染色体（SSC7）影响附睾重和血浆睾酮浓度的数量性状位点（QTL），鉴别影响公猪繁殖性状的位置候选基因。以205头白色杜洛克×二花脸资源家系F2公猪群体为研究材料，在初步定位的QTL区间内增加14个SNPs对该群体进行扫描以精细定位QTL。在精细定位QTL区间内筛选雄性增强抗原1（MEA1）为位置候选基因，采用标准关联分析和F-drop检验分析该基因的多态位点与公猪繁殖性...
半同胞群体QTL区间定位的通用SAS程序
家畜 分离群体 半同胞设计 父系半同胞
2016/12/20
在家畜中普遍存在的是分离群体，在数量性状基因定位方面，由于分离群体在各个家系内标记之间及标记与QTL之间的连锁状态是不同，同一位点可能存在着多个等位基因，且只有部分个体提供信息[1]，因而在分离群体中进行QTL定位时，其资源群体要以家系为单位，估计的参数也是以QTL方差组分为主。半同胞设计是家畜QTL分析的常用方法，设计中以父系半同胞为资源群体，利用父系及其半同胞后代的标记信息和表型信息进行QTL...
本文采用计算机模拟方法研究了BC1和F2设计不同资源群体规模、性状遗传力、QTL效应（QTL方差占加性遗传方差的比例）和标记-QTL间图距下单标记分析对QTL的检测效率。结果表明：当资源群体的规模较大，目标性状的遗传力较高，QTL效应较大，所检测的标记距离QTL的距离较近时，无论是BC1设计还是F2设计，都可获得较高的QTL检测效率。但在其他条件相同时，F2设计对QTL的检出率明显高于BC1设计。
比值性状QTL的一种贝叶斯定位策略
比值性状 数量性状位点（QTL） 贝叶斯压缩估计 Monte-Carlo 模拟
2013/12/6
本研究旨在对比值性状QTL采用贝叶斯定位方法进行探讨。将两个具有正态分布的普通数量性状之比定义为比值性状。 由于此类性状不服从正态分布， 因此在遗传分析上不同于普通性状。利用构成比值性状的两个组分性状的线性结合，我们提出了定位比值性状数量性状位点(QTL)的最大似然法。在此基础上,进一步探索比值性状的贝叶斯定位策略。首先采用贝叶斯压缩方法估计两个组分性状的QTL参数，然后利用两个组分性状的群体均值...
采用全基因组扫描法定位影响猪后腿质量QTL
猪 后腿质量 数量性状位点
2009/11/4
为研究影响猪后腿质量的QTL，采用分布于猪全基因组19对染色体上的183个微卫星标记，对白色杜洛克（♂）×二花脸（♀）资源家系群体1 028头F2代个体及其亲本进行基因型检测，利用最小二乘线性回归分析，通过置换试验确定显著性域值，对影响猪后腿质量的数量性状位点（QTL）进行了定位分析。共检测到10个QTL位点，其中在猪2、4、7、8、18号染色体上检测到5个1%基因组显著水平的QTLs，在5和7号...
在白色杜洛克×二花脸F2资源群体中定位猪四肢骨骨骼长度和直径QTL
四肢骨骼 全基因组扫描 QTL定位 猪
2009/8/31
【目的】通过全基因组扫描，鉴别影响猪四肢骨骨骼长度，股骨和肱骨的骨髓腔长度、骨髓腔直径以及股骨骨壁厚度的数量性状位点（QTL）。【方法】在白色杜洛克×二花脸资源群体中测定132头240日龄阉割公猪29类四肢骨骨骼的长度、6类四肢骨骨骼直径以及股骨和肱骨骨壁厚度、骨髓腔长度和骨髓腔直径等表型性状。选择多态信息含量丰富并覆盖猪全基因组19条染色体的183个微卫星标记，采用最小二乘区间定位法进行猪全基因...
Genetic Mapping of the QTL Affecting Abdominal Fat Deposition in Chickens
chicken QTL microsatellite marker abdominal fat
2009/8/3
To identify the quantitative trait loci (QTL) affecting abdominal fat deposition in chickens, we carried out QTL analysis on this trait using a resource population of 222 F2 progeny from a cross betwe...
利用白色杜洛克×二花脸资源家系定位影响猪肉硬实度的QTL
数量性状基因座 肌肉硬实度 猪
2013/12/9
为定位影响猪背最长肌和半膜肌硬实度的数量性状基因座（QTL），本研究测定了白色杜洛克×二花脸资源家系中490头F2代猪的背最长肌和半膜肌硬实度，检测了3代个体在19条染色体上194个微卫星的基因型，并据此进行了QTL定位分析。共检测到9个QTLs，包括影响背最长肌硬实度的4个QTLs，分别位于SSC1、SSC2、SSC7和SSC10，其中SSC1和SSC7 的QTLs达到1%基因组显著水平；影响半...
长白-蓝塘猪资源群第6号染色体的QTL检测
猪 QTL定位 资源群 微卫星DNA
2008/10/14
以国外猪种长白猪和华南地区优良地方猪种蓝塘猪为亲本 ,建立了用于QTL定位研究的F2 资源群。应用 6号染色体上的 7个微卫星遗传标记和USDA MARC 2 .6公、母猪平均遗传连锁图谱 ,采用区间定位方法进行基因组扫描。结果表明 ,在 38～ 4 1cM间发现影响猪胴体A点膘厚的QTL ,达到染色体极显著水平 (P <0 .0 1) ,该QTL与MN0 0 7标记紧密连锁 ,其加性方差解释F2...
在广义线性模型的框架内模拟研究了家畜抗性等级性状的QTL定位方法，QTL参数的估计采用最大似然方法，比较了阈模型方法与一般线性方法的QTL定位效率，并对影响等级性状QTL定位效率的主要因素（QTL效应、性状的遗传力）进行了模拟研究。试验为多个家系的女儿设计，资源群体大小为500头。结果表明：在QTL位置参数估计及检验功效方面，阈模型方法具有一定的优势，对抗性等级性状QTL定位的功效也高于线性方法。...
利用Bayesian-MCMC方法对不同家系结构的畜禽远交群体的二级离散性状进行QTL连锁检测，在分析中，基于IBD方差组分的随机模型的定位策略，同时利用MCMC的3种不同抽样技术（Gibbs抽样、Metropolis抽样和Reversible jump MCMC抽样）产生相应QTL参数的后验样本，在此基础上进行目标参数的Bayesian统计推断。结果表明： Bayesian-MCMC方法能够对Q...
猪4、8和13染色体上肉质性状的QTL定位
猪 数量性状位点(QTL) 肉质性状
2008/4/7
214头猪（180头F2个体）组成的资源家系中，在猪的第4、8和13染色体上共选取23个微卫星标记，对11种肉质性状做了QTL定位，这些肉质性状包括：背最长肌肌内脂肪率(IMF) 、背最长肌含水量(WM) 、背最长肌系水力(WHC)、背最长肌失水率(DLR)、背最长肌pH (pH1)、 股二头肌pH (pH2)、 头半棘肌pH (pH3)、背最长肌肉色值(MCV1)、 股二头肌色值(MCV2)、 ...