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肽段可检测性预测方法及系统（图）
肽段 可检测性 预测方法
2024/10/29
肽段可检测性预测方法及系统，是中国科学院数学与系统科学研究院研发的一种蛋白质组学中利用深度学习预测肽段被质谱检测可能性的计算方法和系统。该方法对所有蛋白序列进行理论酶切，得到各理论酶切肽段；利用预先训练得到的基于肽序列的肽段可检测性预测模型（循环神经网络）确定各理论酶切肽段的第一可检测性概率，再结合预测的肽段酶切概率，确定肽段的最终可检测性。通过利用深度学习方法，以及融合肽段酶切概率，可以显著提高...
一种蛋白质无标绝对定量方法（图）
蛋白质 绝对定量
2024/10/29
一种蛋白质无标绝对定量方法，是中国科学院数学与系统科学研究院联合中国人民解放军军事科学院军事医学研究院和北京蛋白质组研究中心研发的一种蛋白质组学中确定蛋白质绝对量的计算方法。该方法从筛选出的高可信蛋白质中选取出若干肽段作为高可信肽段，计算每一高可信肽段的物理化学性质及肽段定量效率；基于高可信肽段的物理化学性质和肽段定量效率，构建训练集；然后利用该训练集训练得到肽段定量效率预测模型；利用所述肽段定量...
一种蛋白质组学中肽段的肽段定量效率预测方法（图）
蛋白质组学 肽段 定量效率 预测方法
2024/10/29
种蛋白质组学中肽段的肽段定量效率预测方法，是中国科学院数学与系统科学研究院联合中国人民解放军军事科学院军事医学研究院和北京蛋白质组研究中心研发的一种蛋白质组学中预测肽段质谱定量效率的计算方法。质谱实验中相同浓度的肽的质谱信号强度往往存在很大差异。目前，蛋白质定量分析通常采用对肽质谱强度取平均的策略，由于肽质谱强度的测量误差非常大，这种策略只有当肽的数量很大时才有效，但是肽的数量通常较小。为了提高蛋...
一种基于子集错误率估计的肽鉴定方法（图）
肽鉴定 子集错误率
2024/10/29
一种基于子集错误率估计的肽鉴定方法，是中国科学院数学与系统科学研究院研发的一种蛋白质组学中肽鉴定的质量控制方法。在相同的打分阈值下，修饰肽鉴定和非修饰鉴定的FDR是不同的。所以，如果修饰鉴定的FDR必须分开单独估计。但是，当要鉴定的修饰丰度较低时，由于数据样本量不足，直接从数据（如用目标-诱饵库搜索方法）估计修饰鉴定FDR会严重失真。基于对实际的数据观察分析，提出了一种错误鉴定为修饰鉴定的条件概率...
以小麦麦醇溶蛋白(WG)和青麦仁麦醇溶蛋白(GG)为原料，建立了小麦胶质蛋白改性技术，改性后的蛋白具有更好的溶解度、乳化特性、保水和保油特性、热稳定性和消化率。利用绿原酸（CA）和木犀草素（LU）共价偶联降低小麦麦胶蛋白（Gli）的致敏性，改善小麦麦胶蛋白（Gli）功能特性，建立具有良好热稳定性、抗氧化活性和体外消化性能Gli-CA/LU复合物制备技术。酶解制备咸味肽技术，建立了小麦咸味肽的制备和...
2022年4月29日，病原生物学研究所江峰和金奇课题组在Science Advances发表了题为“N-terminal signal peptides facilitate the engineering of PVC complex as a potent protein delivery system”的研究论文，该文鉴定了一类N端信号肽的功能，借助该类信号肽能将多种原核或真核来源的蛋白质导...
人源松弛素/胰岛素样肽受体4（Relaxin family peptide receptor 4, RXFP4）为A类G蛋白偶联受体（G protein-coupled receptor, GPCR），2003年首见于人类基因组数据库，2005年被证实为胰岛素样肽5（Insulin-like peptide 5, INSL5）的内源性受体。INSL5属于松弛素/胰岛素超家族，1999年Conkli...
蛋白质位点特异性糖基化的定量分析对于生理病理机制探索，疾病诊断和预后标志物的筛选以及抗体药物的开发尤为重要。随着基于质谱（MS）的分析方法和解析软件的发展，蛋白质组范围内大规模完整糖肽的鉴定取得了长足进步。但与之相配套的完整糖肽定量仍存在许多问题：由于糖肽的微观不均一性，糖肽信号比裸肽信号更难识别，完整糖肽定量的准确度和缺失值数都会受到影响；基于数据依赖采集（DDA）策略的糖蛋白组学定量水平受限于...
2022年 11月22日，《生物化学杂志》（JBC）在线发表了中科院生物物理研究所柯莎（Sarah Perrett）研究组的研究论文，题为“Exploration of the cysteine reactivity of human inducible Hsp70 and cognate Hsc70”该研究工作是柯莎研究组对Hsp70的结构与功能的关系及Hsp70的半胱氨酸巯基反应活性长期研究获...
蛋白质或蛋白质复合物的邻近蛋白对于其结构和功能的调控有着重要的作用，这正如一个人的亲戚朋友对其及其家庭成员的生活和工作所带来的影响一样。基于抗坏血酸过氧化物酶（APEX）的空间邻近标记技术是近年来发展起来的解析蛋白或蛋白质复合物邻近蛋白质组的有效手段。通过将APEX与目标蛋白融合并在细胞内表达，APEX可以将目标蛋白周围半径为20nm空间内的其它蛋白都加上生物素标签，从而可以利用亲和层析纯化被生物...
经过三万多年的家养驯化，家犬形成了特有的、高超的跨物种社会认知功能，是人类忠诚的朋友，也被认为是理想的神经精神疾病研究模型。2022年6月20日，中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员张永清团队、杜茁团队、汪迎春团队联合中科院数学与系统科学研究院研究员李雷，以及昆明动物所研究员王国栋和中科院院士、昆明动物所研究员张亚平团队在Molecular & Cellular Proteomics上，在线发表...
张明杰团队发现突触可塑性的调控新机制（图）
AMPA受体 活体动物神经元 内亲蛋白 动力蛋白
2022/9/15
作为对刺激的反应，即时早期基因产物 Arc 可以通过从突触中去除 AMPA 受体 (AMPAR) 来急剧下调突触强度，从而调节突触可塑性。支架蛋白 Arc 如何专门促进 AMPAR 的突触去除尚不清楚。
人Alpha-2-巨球蛋白（humanalpha-2-macroglobulin，简称hA2M）是一种重要的广谱抑制小蛋白酶的大型糖蛋白（四聚体，分子量720KD），在人体血液中含量丰富。hA2M可以抑制几乎所有种类的小蛋白酶（分子量在80KD以下），以防止它们在血液中过量存在。同时，hA2M也是人身体内最“多才多艺”的蛋白之一，比如hA2M可以调节多种免疫细胞的功能，影响中性粒细胞的迁移和粘附并...
