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近日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心陈玲玲在 Nature 子刊 Nature Protocols 上发表了题为：Screening circular RNAs with functional potential using the RfxCas13d/BSJ-gRNA system 的论文。该论文详细介绍了团队近期建立的基于CRISPR–Cas13技术的circRNA筛选新方法。
苏州大学剑桥-苏大基因组资源中心的研究团队利用开发的基于机器学习（卷积神经网络）识别同步化参数的人工智能算法，设计了能系统化和自动化识别小鼠活动及饮食昼夜节律的筛选器。他们与来自国际上14个科研机构的团队合作，针对国际小鼠表型分析联盟的野生型小鼠数据开展了生物钟相关功能基因高通量筛选研究。研究团队通过对750个突变小鼠品系的活动和饮食数据进行筛选，发现了5个可能影响小鼠昼夜节律同步化的基因（Slc...
该研究首先利用响应面法优化了HPLC-DPPH的条件，并在此条件下筛选出了黄花补血草中7种具有抗氧化作用的化合物。利用HPLC-MS技术鉴定出黄花补血草中具有抗氧化作用的化合物为杨梅酮-3-O-β-D-(6“-O-没食子酰基)-吡喃葡萄糖苷、杨梅素-3-O-葡萄糖苷、杨梅苷、圣草素-7-O-葡萄糖苷、杨梅酮、圣草素和高圣草素。
蛋白质-蛋白质分子对接方法是研究蛋白质分子间相互作用与识别的重要理论方法。该方法主要涉及复合物结合模式的构象搜索和近天然结构的筛选两个问题。在构象搜索中,分子柔性的处理是重点也是难点,围绕这一问题,近年来提出了许多新的方法。针对近天然结构的筛选问题,目前主要采用三种解决策略：结合位点信息的利用、相似结构的聚类和打分函数对结构的评价。本文围绕以上问题,就国内外研究进展和本研究小组的工作作详细的综述,...
串联亲和纯化技术筛选hCLP46 的相互作用蛋白
交联剂 串联亲和层析 骨髓增生异常综合症 hCLP46蛋白
2011/12/23
hCLP46(human CAP10-like protein46)是从MDS-AML患者的CD34+干细胞cDNA文库中筛选出的基因.我们利用串联亲和纯化技术来筛选与hCLP46有相互作用的蛋白.通过体内交联-甘氨酸洗脱策略,检测到7条有差异的蛋白带,经液相色谱-质谱联用鉴定,得到了CNX和PDI等一系列内质网伴侣蛋白.所以hCLP46可能是一个糖蛋白,其成熟过程利用了BiP/Grp94 和CN...
离子束诱变水稻多胚苗突变株的筛选及其多胚来源
离子注入 同源四倍体水稻 多胚苗突变体
2009/10/28
以低能氮离子束为诱变源， 通过对同源四倍体水稻品系“IR364X”进行离子注入后在其第2代群体内筛选得到了1株具有多胚苗性状特征的突变株（IR36双）， 对该突变株后代的多胚苗形态特征及其多胚来源进行了研究。 结果表明， 多胚苗突变株系“IR36双”在双胚苗性状的表现形态上有其特异性， 在同一纯合株系的群体内双胚苗的苗位有非完全双苗和完全双苗两种类型。 非完全双苗包括单胚轴单胚根双苗和单胚根...
随机十肽库的构建及血管形成素结合肽的筛选
噬菌体表面呈现 随机短肽库 血管形成素
2008/6/29
将合成的含有随机序列（NNK）10的寡核苷酸片段，克隆入噬菌体呈现载体噬菌粒pCANTAB5E的SfiⅠ，NotⅠ位点，即cpⅢ蛋白信号肽与成熟肽之间，电转化E.coli TG1，构建了噬菌体表面呈现的十肽库，实际库容为3.53×107，插入率为66.7%.经辅助噬菌体M13KO7超感染后，获得滴度为4.8 ×1011 pfu/ml的噬菌体上清.经过两轮panning筛选和富集，从构建的随...
结合基因功能分类体系Gene Ontology筛选聚类特征基因
聚类特征基因 分类体系 基因功能
2008/5/21
使用两套基因表达谱数据，按各基因的表达值方差，选择表达变异基因对样本聚类，发现一般使用方差较大的前10%的基因作为特征基因，就可以较好地对疾病样本聚类；对不同的疾病，包含聚类信息的特征基因有不同的分布特点。在此基础上，我们提出结合基因功能分类体系Gene Ontology，进一步筛选聚类特征基因的方法。通过检验在Gene Ontology(GO)中的每个功能类中的表达变异基因是否非随机地聚集，寻找...
一种基于特征筛选的原核生物启动子判别分析方法
原核生物(Prokaryote) 启动子识别(Promoter identification) 复合模式(Composite motif) 特征筛选(feature selection) 二次判别分析(Quadratic discriminant analysis) 刀切法(Jackknife method)
2008/5/14
启动子识别是研究基因转录调控的重要环节，但目前方法的识别正确率偏低。在深入分析原核启动子特征的基础上，提出了一种基于特征筛选的原核启动子判别分析方法，首先在启动子序列的组成特征、信号特征和结构特征中选取备选特征，为每个特征建立适当的描述模型，并对主要的保守模式采用复合模式模型；再通过模型计算对备选特征进行逐步筛选，优化特征集，将序列表示为组合特征向量；最终利用二次判别分析实现识别。对大肠杆菌和枯草...