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中国农业科学院蜜蜂研究所蜂先天免疫的基因组和转录组学进展回顾（图）
蜂先天免疫 基因 传粉昆虫 资源育种
2022/12/8
2022年11月24日，中国农业科学院蜜蜂研究所传粉昆虫与资源育种团队总结了蜂先天免疫在基因组学和转录组学维度的研究进展。相关成果发表在《国际分子科学杂志(International journal of Molecular Sciences)》上。
【目的】本研究旨在克隆琥珀蚕Antheraea assama丝腺转录因子基因AaSGF-1，分析其序列特征及表达模式并制备多克隆抗体，为探讨该基因的生理功能奠定基础。【方法】采用RT-PCR和RACE技术从琥珀蚕丝腺中克隆AaSGF-1的cDNA序列，并进行生物信息学分析；利用qPCR检测AaSGF-1在琥珀蚕5龄第4天幼虫不同组织(头、中肠、脂肪体、丝腺、血液、表皮)中的表达模式；构建原核表达质...
【目的】本研究旨在利用Oxford Nanopore测序技术组装和注释东方蜜蜂微孢子虫Nosema ceranae的高质量全长转录组。【方法】采用Nanopore PromethION系统对东方蜜蜂微孢子虫的纯净孢子进行转录组测序。通过识别每条clean read两端引物鉴定全长转录本序列。利用Blast工具将全长转录本比对Nr, Swiss-Prot, KOG, eggNOG, Pfam, GO...
【目的】利用已获得的纳米孔长读段测序数据完善现有的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis参考基因组注释信息，并对未注释的新基因和新转录本进行鉴定和功能注释。【方法】基于已获得的纳米孔长读段测序数据，采用gffcompare软件将蜜蜂球囊菌全长转录本与参考基因组注释的转录本进行比较，进而对参考基因组注释基因的非翻译区(untranslated region, UTR)进行延长。利用TransDe...
感染和未感染南方水稻黑条矮缩病毒的白背飞虱成虫唾液腺转录组比较分析
白背飞虱 唾液腺 南方水稻黑条矮缩病毒 转录组 差异表达基因
2018/7/23
【目的】白背飞虱Sogatella furcifera是南方水稻黑条矮缩病毒（Southern rice black-streaked dwarf virus, SRBSDV）传播的主要介体，其唾液腺在取食和传毒的过程中都发挥着重要作用，本研究旨在通过对带毒与不带毒白背飞虱成虫的唾液腺进行转录组测序，进而比较分析找出差异表达基因，推测出唾液腺中与传毒相关的基因。【方法】利用Ion ProtonⅡ,...
【目的】克隆获得中华蜜蜂Apis cerana cerana转录因子AP-1（transcription factor AP-1）基因AccAP-1序列，分析其在中华蜜蜂不同发育时期和组织中以及不同非生物应激条件下的表达差异，为该基因的功能研究提供参考。【方法】以中华蜜蜂全组织cDNA为模板，利用RT-PCR技术扩增克隆获得中华蜜蜂转录因子AP-1基因cDNA序列；利用生物信息学软件预测分析其编码...
【目的】旨在了解烟蚜Myzus persicae不同翅型（有翅和无翅）的转录组特征，丰富烟蚜转录组数据信息，为探明烟蚜翅型分化的分子机制打下基础。【方法】利用高通量测序技术Illumina HiSeqTM2000分别检测烟蚜若蚜、无翅成蚜和有翅成蚜转录组表达差异；通过实时荧光定量PCR（qPCR）方法，分析翅型相关基因表达模式。【结果】经过测序获得质量值高于20的碱基比例(Q20)均不低于94% ...
【目的】建立绿豆象Callosobruchus chinensis触角转录组数据库，挖掘绿豆象的基因数据。【方法】采用高通量测序平台（Illumina Hiseq）对绿豆象成虫触角进行转录组测序、序列组装及生物信息学分析。【结果】共获得51.10 Gb的clean data (NCBI SRA数据库登录号: SRP119884)及83 535条unigenes，长度在1 kb以上的unigenes...
【目的】意大利蝗Calliptamus italicus是新疆荒漠、半荒漠草原优势危害种类之一，其生殖相关基因信息缺乏。本研究对意大利蝗精巢和卵巢组织进行高通量转录组测序，旨在揭示意大利蝗转录组特征，并获得与性腺发育相关的基因数据。【方法】利用Illumina高通量测序平台（HiSeq/MiSeq）对意大利蝗进行了转录组测序，并进行序列分析。【结果】获得718 872条unigenes，平均长度6...
【目的】点蜂缘蝽Riptortus pedestris主要为害豆科作物，成虫和若虫刺吸汁液，造成严重损失，目前对该虫的研究较少，基因信息缺乏。本研究旨在获得点蜂缘蝽的触角转录组数据，开发基于嗅觉防治害虫的新方法。【方法】利用Illumina HiSeqTM 4000高通量测序技术测定了点蜂缘蝽成虫触角转录组，并进行了生物学信息分析。【结果】共获得45 802 812条clean reads，包括6...
【目的】昆虫滞育是一种重要的季节性适应生存的环境生理现象，但是调控葱蝇Delia antiqua夏滞育和冬滞育的分子机理却知之甚少。本研究旨在鉴定与葱蝇蛹滞育相关的候选基因。【方法】利用RNA-seq和数字基因表达谱数据，通过生物信息学的方法预测分析葱蝇滞育相关的分泌蛋白，并进行了氨基酸序列相似性、基本理化性质分析；从表达谱中选取12 个差异表达基因，利用qRT-PCR验证了它们在非滞育蛹以及夏滞...
【目的】本研究旨在克隆小菜蛾Plutella xylostella体内一种C型凝集素基因，检测其在小菜蛾体内的表达模式，并探讨该蛋白对细菌的凝集作用。【方法】基于对小菜蛾转录组和基因组进行生物信息学分析的基础上，RT-PCR结合RACE技术克隆小菜蛾C型凝集素基因全长cDNA序列。构建原核表达质粒载体，在大肠杆菌BL21中高效表达小菜蛾C型凝集素融合蛋白，利用纯化的融合蛋白免疫新西兰大白兔，获得了...
【目的】本研究旨在通过趋势分析对胁迫意大利蜜蜂Apis melliferaligustica（简称意蜂）幼虫肠道的球囊菌Ascosphaera apis的差异表达基因（DEGs）进行转录组分析。【方法】将纯化的球囊菌孢子配制为1×107孢子/mL的饲料饲喂意蜂3日龄幼虫，利用Illumina HiSeq 2500平台对球囊菌胁迫的意蜂幼虫肠道cDNA进行测序，将过滤得到的有效读段（clean re...
【目的】建立扶桑绵粉蚧Phenacoccus solenopsis Tinsley的转录组数据库，揭示扶桑绵粉蚧转录组的整体表达特征。【方法】采用Illumina HiSeqTM 4000测序平台开展对扶桑绵粉蚧雌成虫转录组测定，对原始数据进行过滤和组装。【结果】共获得58 322 258条序列读取片段（reads），共9.48 Gb（GenBank登录号： SAMN06130426）57 422...